Отдел хранения основных фондов — это структурное подразделение Национальной библиотеки, обеспечивающее хранение, использование и сохранность книжного фонда.
В отделе хранения основных фондов насчитывается 1,3 млн документов универсального характера на многих языках народов СССР и зарубежных стран, в их числе страноведческие книги (вышедшие в Кыргызстане) на кыргызском и русском языках со времен начала национального книгопечатания и по 2017 г, в том числе; книги на русском языке, изданные за пределами Кыргызстана по всем отраслям знаний, поступившие в библиотеку в 1966-1992 гг. Фонды библиотеки подразделяются на основные, подсобные и обменный. Фонд русской книги составляет значительную часть от всей литературы хранящейся в библиотеке. Книги изданные до 1966 г находятся в секторе депозитарного хранения (библиотеке им К. Баялинова). А также имеются произведения художественной литературы на русском языке, поступившие с 1966 г по настоящее время; книги на языках народов СНГ по всем отраслям знаний, в т. ч. художественная литература за все годы. В основном фонде хранятся также авторефераты, карты, альбомы, атласы. Книги поступившие в библиотеку в 1993 г., находятся в других отделах.
Книги в книгохранилище расставляются на полках в определенном порядке: алфавитная расстановка изданий в алфавите авторов и заглавий; систематическая расстановка книг по их содержанию, с использованием таблиц классификации ББК и УДК, внутри разделов по алфавиту авторов или заглавий; форматно-инвентарно-годовая расстановка.
Кафедра №1 прием читательских бланков-требований на книги, переадресовка требований в подсобные и специализированные фонды;
Кафедра №2 выдача читателям заказанной литературы для работы в читальных залах;
Кафедра №6 выдача литературы на дом по залоговой системе;
Отдел предоставляет литературу из основных фондов хранения по залоговой системе при наличии паспорта.
