Фонд диссертаций и авторефератов диссертаций насчитывает более 5700 оригиналов диссертаций и свыше 24300 авторефератов диссертаций. Фонд представлен рукописями диссертаций, защищенных в Кыргызстане с 1996 г., их электронными копиями, микрофишами диссертаций, защищенных в СССР (более 300 тыс. единиц хранения), авторефератами диссертаций (более 800 тыс.), защищенных в Кыргызстане и странах ближнего зарубежья. С 1993 г. библиотека получает авторефераты по Соглашению о свободном доступе и порядке обмена открытой научно-технической информацией государств-участников Содружества Независимых Государств от 11 сентября 1998 года и по постановлению НАК КР.